Tanto puntos clave como puntos claves son plurales válidos de la expresión punto clave.
En los medios de comunicación pueden verse empleados los dos plurales: «Puntos clave del discurso de Danilo Medina», «Sus planteamientos se resumen en 25 puntos claves» y «Se ha ampliado la presencia policial en puntos clave de la ciudad».
En estas construcciones formadas por dos sustantivos en las que el segundo modifica, matiza o complementa al primero (denominadas en aposición), lo más frecuente es que sea el primero el que lleve la marca de plural: sofás cama, plantas piloto, niños prodigio, horas pico, etc.
Sin embargo, la Gramática académica señala que existen algunas excepciones en las que se consideran válidas tanto la forma en la que solo se pluraliza el primer sustantivo como aquella en la que se pluralizan los dos: aviones espía/aviones espías; países satélite/países satélites; empresas líder/empresas líderes, momentos clave/momentos claves o copias pirata/copias piratas.
Estas alternancias se dan, como explica esa obra, en los casos en los que el segundo sustantivo puede funcionar con valor de adjetivo.
Es el caso de la construcción puntos clave/puntos claves: cuando clave se escribe en singular, funciona como un sustantivo en aposición, pero cuando va en plural, tiene valor de adjetivo pleno con el sentido de ‘fundamental’. Su significado es el mismo en ambos casos.
De este modo, los tres ejemplos iniciales pueden considerarse correctos.